Non è nulla di preoccupante tranquillo.
Capita spesso che Nepenthes sviluppi tali macchie.
Da cosa sia dovuto esattamente non te lo so dire, ma fino a che non intacca foglie giovani, facendole seccare non vi è nulla di cui preoccuparsi!
Come la stai tenendo è perfetto, continua così... tieni però conto che N. rafflesiana raggiunge abbastanza velocemente notevoli dimensioni, specialmente in larghezza!