Solitamente, la preparazione del substrato si fa per le semine, proprio per evitare che eventuali muffe possano attaccare i semi. Per le piante adulte, onestamente è un operazione che non ho mai fatto. Che in superficie si formi qualche alga...credo che sia normale, mi è capitato spesso. Muffe, onestamente no. Potresti postare una foto??
Da cosa hai capito che sta marcendo??? Cattivo odore???